Qubes OS enthält außer den Rahmenfarben zahlreiche weitere Helferlein, um die Arbeit mit so einem VM-Zoo praktikabel zu machen. Zentrale Anlaufstelle ist der Qube-Manager, den man im App-Menü unter "Qubes Tools" findet. Der Manager listet alle existierenden Würfel auf und erlaubt, Qubes anzulegen, zu löschen, zu konfigurieren, zu starten et cetera. Wie immer bei Qubes OS gibt es alternativ auch Kommandozeilenbefehle, etwa qvm-ls, qvm-create oder qvm-remove. Der Manager zeigt auch den Netzwerkzugang von Würfeln an. Programme haben nur dann Zugriff auf das Internet, wenn der Qube, in dem sie laufen, eine sogenannte NetVM hat (auch "Net-Qube" genannt). Wissensmagazine im test.html. Standardmäßig ist das der Service-Qube "sys-firewall", der die Firewall beherbergt und selbst wiederum den Service-Qube "sys-net" als NetVM nutzt. Erst sys-net hat Zugriff auf die Netzwerkhardware. Diese Konstruktion schränkt die Angriffsoberfläche erheblich ein. Trotzdem betreibt man Anwendungen, die keinen Internetzugriff benötigen, sicherheitshalber in Würfeln ohne NetVM.
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